Родился 27 июня 1959 года в Харькове. Окончил Национальную юридическую академию им. Ярослава Мудрого по специальности "правоведение" и Харьковский государственный экономический университет по специальности "государственная служба". Магистр государственной службы.

Согласно официальной биографии, опубликованной на сайте Харьковского горсовета, трудовую деятельность Геннадий Кернес начал в 1977 году на харьковском заводе "Свет шахтера", а с 1980 года более десяти лет работал на государственных предприятиях города.

Геннадий Кернес трижды избирался депутатом Харьковского горсовета, дважды избирался его секретарем.

В 2006 году руководит избирательной кампанией кандидата на пост Харьковского городского головы Михаила Добкина, одержавшего победу на выборах.

В сентябре 2007 года, накануне парламентских выборов, на видеоресурсе YouTube появилось видео съемок предвыборного клипа Михаила Добкина. Режиссером съемки выступает в то время секретарь горсовета Харькова Геннадий Кернес, давая из-за кадра наставления с употреблением жаргона. Отдельные фразы из этого видео на некоторое время стали интернет-мэмами. До сих пор видео набрало более 3,5 миллионов просмотров.

Руководитель штаба Партии регионов Борис Колесников, комментируя появление в интернете видеороликов с участием Добкина и Кернеса, заявил, что руководство Партии регионов намерено проверить деятельность Михаила Добкина на посту городского головы Харькова. На вопрос журналистов, смеялся ли сам Колесников, когда смотрел этот ролик, он ответил: "Понятно, что смеялся, но компетентность харьковской власти не определяется роликом".

В марте 2010 года указом президента Украины Михаил Добкин назначен председателем Харьковской областной государственной администрации. Геннадий Кернес становится исполняющим обязанности Харьковского городского головы.

31 октября 2010 года избран Харьковским городским головой от Партии регионов.

В марте 2014 г. ГПУ открыла уголовное производство против Кернеса по подозрению в организации похищения людей во время Евромайдана в Харькове. Ему было сообщено о подозрении в совершении преступлений по трем статьям: ч. 2 ст. 146 ("Незаконное лишение свободы или похищение человека"), ч. 2 ст. 127 ("Истязание") и ч. 1 ст. 129 ("Угроза убийством") УК Украины. В тот же день Печерский районный суд столицы избрал Кернесу меру пресечения в виде частичного домашнего ареста - с 21:00 вечера до 7:00 утра.

28 апреля 2014 года на Геннадия Кернеса было совершено покушение. Около 12:00 во время велопрогулки ему нанесли пулевое ранение. Кернес лечился в Израиле, в Харьков вернулся только 17 июня. Милиция пока ведет следственные действия по поиску заказчиков и исполнителя покушения.

В связи с тяжелой болезнью подозреваемого Генеральная прокуратура Украины остановила досудебное расследование по уголовному производству в отношении Геннадия Кернеса. В августе Печерский районный суд Киева принял решение возобновить уголовное производство. 26 марта прокуратура передала в суд дело Геннадия Кернеса и двух его охранников. 

Дело рассматривает районный суд Полтавы.